ケンコーコムは2010年4月12日、同社とウェルネットが医薬品通信販売規制の無効を求めて起こした裁判の第一審敗訴を不服として、ウェルネットとともに控訴すると発表した。4月13日に控訴手続きを行う。

　ケンコーコムとウェルネットは、厚生労働省が2009年6月1日に施行した、第1類医薬品および第2類医薬品の通信販売を、へき地と継続使用を除いて禁止する省令が、違憲であり無効であるとして国を相手取り提訴していた。東京地方裁判所は2010年3月30日、規制は違憲でなく有効であるとして、ケンコーコムとウェルネットの訴えを棄却する判決を行った（関連記事）。

　判決に対しケンコーコムは「極めて不当な判決」であり、「司法が『インターネット販売は対面販売に較べて情報提供の点で有意に劣る』と認めたことは、Eコマースやインターネットのビジネス全体の根幹を揺るがす」とのコメントを発表していた。