迷惑メールは業務効率を落とすだけでなく，メール・サーバーに大きな負荷をかける。社員のアドレスあてに届くアダルト・サイトの宣伝・広告メールなどを削除したり，サーバーの負荷を軽減するのが迷惑メール対策システムだ。構築料金は，安い場合で20万円台からとなっている（表）。
迷惑メールの対策手法はいくつかあり，それによって料金なども異なる。また，ネットワーク構成の見直しやサーバーの置き換えなどの作業が発生した場合，それに応じた料金が必要になる。
「迷惑」の種類で対策も分かれる
迷惑メール対策は大きく分けて（1）社員に送られる迷惑なメールを減らす，（2）大量かつ不要なメールの流入を抑えてメール・サーバーを守る——の二種類がある（図）。ユーザーが受け取る不要なメールが増加すると，削除作業に時間をとられ業務効率の低下につながる。
また，大量のあて先不明メールが送られてくると，メール・システムに余計な処理負荷を与える。メール・サーバーはこうしたメールを「あて先不明」として送信元に返そうとするが，迷惑メールの多くは送信元を詐称しており返すことができない。結果的にメール・サーバーには，大量のあて先不明メールを長期間保管するなどの高い負荷がかかる。
（1）と（2）のどちらの対策を取るかによって，対応できる製品も変わってくる。例えば，米センドメールの「MailStream Manager」は，メールの流量を制御するソフトウエアである。社員へ迷惑メールを届かなくする対策には，別会社の製品をオプションで追加しなければならない。
ネット構成の見直しが必要なことも
導入にあたり，ネットワーク構成の見直しが必要なケースもある。新たに導入する機器やネットワーク構成の見直しに応じた費用が発生する。
例えば，米アイアン・ボートの「Cシリーズ」は迷惑メール対策システムであると同時にMTA（message transfer agent）の機能も持つ。こうした機器を導入する場合，現在，使用中のメール・サーバーを置き換えるかどうかでシステム全体の料金は変動する。
また，既存のサーバーを使い続けるなら，DNS（domain name system）のMX（mail exchange）レコードを迷惑メール対策システムに書き換えが必要。そこから，現用のサーバーに配信する。こうした変更作業に伴うコストが生じる。
届いたメールの処理方法は三通り
「システムが迷惑と判定したメールをどう扱うか」も，あらかじめユーザー企業が決断すべき事項である。扱い方によって，導入すべきシステムが異なるため，当然，料金にも差が付く。
対策は（1）無条件で削除してしまう，（2）メールの件名に「spam」などの文字列を付けてユーザーに配送する，（3）システム側に隔離しておき，社員がWeb画面などで確認できるようにする——の三つに大別できる。ただし，（3）の機能を持つ製品は限られる。
迷惑メール対策システムにとって，正常なメールを迷惑と判定するような誤検知が発生する確率はゼロではない。万が一にでもメールを紛失するわけにいかないのであれば（1）の方法に踏み切るのは難しい。（2）の方法で利用を始め，識別能力が高いと判断できれば（3）へ移行するのが現実的だろう。
