5月8日午後6時14分に発生したジャパンネット銀行のシステム障害は、9日午後4時30分過ぎに、提携ATM、インターネット、携帯電話、一般電話からの取り引きが可能になり、大部分が復旧した。提携企業とのXML決済サービスなど、一部機能は立ち上げ段階にあり、すべてが復旧するのは午後6時ごろになる見込み。
ジャパンネット銀行は当初、9日午前9時の復旧を目指して作業を続けたが、その後正午に修正。結局当日振り込みの期限となる午後3時を回ってもシステムは回復しなかった。ジャパンネット銀行のシステム構築や運用保守を全面的に請け負っている富士通の協力のもと、懸命に復旧作業に努め、午後4時30分から40分のあいだに神奈川県大和市のデータセンター内にある本番系のシステムを復旧させた。
今回のシステム障害は、本番系のデータベース・サーバーに、突如としてソフトウエア障害が発生したことが原因だった。データベース・サーバーは、ソフトにOracle8iを採用しており、複数台をつなげたクラスタ構成。本番系のデータベース・サーバーに障害が発生したと同時に、システムは同じデータセンター内にある待避系のデータベース・サーバーに切り替えたが、本番系と同じ障害が発生。「処理が進まないまま、何回か本番系と待避系を行ったり来たりする状態だった」（ジャパンネット銀行 企画部）という。
その後、大和市のデータセンターと全く同じ構成を持つ、兵庫県明石市のバックアップ・システムに切り替えようとしたが、「整合性をとるためネットワーク上でデータをやり取りするのに相当な時間がかかり、物理的にデータを搬送しないと稼働できない状況だった」（同）。そこで、ジャパンネット銀行はあくまで大和市にある本番系のシステムの復旧を目指した。
しかし、明石市のバックアップ・システムは、ほぼリアルタイムにデータの複製を行うことになっている。この点について「明石市のバックアップ・システムで、なぜデータの整合性をとる必要があったかは不明」（同）だという。
