新版では,OpenOffice 2.0のベータ版,KDE 3.4,Linuxカーネル2.6.11など,ソフトウエアのアップグレードが行われている。日本語入力の標準がSCIMになった。従来版同様,Windowsファイル・システムへのインストールや,coLinuxによるWindows上での動作が可能になっている。
また,OS自体をネットワークからHTTPでダウンロードして起動するHTTP-FUSE mount & mkmd5files Debian パッケージのKNOPPIX 3.9日本語版も公開した。
いずれも,産総研のKNOPPIXのページなどからダウンロードできる。