ミラクル・リナックスは2005年2月28日，64ビット版x86アーキテクチャに対応したLinuxを出荷する。名称は「MIRACLE LINUX V3.0 -Asianux Inside for x86-64」。米IntelのEM64Tおよび米AMDのAMD64に対応する。64ビット化により多くのメモリーが使用できるため，大規模システムでのOracleやJavaの性能が向上したとしている。
32ビットOSでは4Gバイトだった，ユーザー・アプリケーションとカーネルの仮想メモリー空間は，64ビットOSでは512Gバイトに拡張される。これにより，Oracleではより多くのメモリーをキャッシュとして利用できるようになる。2400万（3Gバイト）の集計処理の時間を計測したところ，同一マシンでx86-64版Linux上のOracle9i（キャッシュ3Gバイト）は，x86版Linux上のOracle9i（キャッシュ1.2Gバイト）に比べ約40％性能が向上したという。
米Red Hatもすでにx86-64版を提供している。ミラクル・リナックスでは「32ビット・バイナリの動作を保障，SJISのサポート，官公庁向け外字対応，障害時の情報記録（カーネル・ダンプ），XFSとReiserFSのサポート，Oracle向けのカスタマイズなどがRed Hat Enterprise Linuxに対する優位点」（コアテクノロジー部部長 伊藤達雄氏）としている。
Intelには，Itaniam2など，もうひとつの64ビット・アーキテクチャIA-64がある。IA-64に対応するバージョンは，中国と韓国企業との共同開発OS「Asianux」としてすでに開発済みだが「MIRACLE LINUXとしての製品化時期は市場のニーズを見極めている状況」（伊藤氏）という。
また同社は，サポートの拡充も発表した。従来，製品の初期出荷後6年間提供していたサポート・サービスを，初期出荷後7年間提供する。カーネル障害記録（ダンプ）の解析やパッチ提供を行う「エンタープライズ・サポート」（年間63万円），一時的なサポートを提供する「1ショット・サポート」（ダンプ解析52万5000円），24時間サポート（基本サポートの追加オプション，3万6750円から）など新しいサポート・メニューを設定した。
