地方公共団体情報システム機構（J-LIS）は2016年10月24日、マイナンバー（個人番号）カード管理システムを構成する中継サーバーの1台が10月22日土曜日午前8時の業務開始から一時正常に動作せず、一部の市区町村のカード交付業務などに影響があったと発表した。

　J-LISの住基ネットコールセンターに、市区町村から「端末からカードに関する業務メニューが表示されない」といった28件の問い合せが寄せられた。中継サーバーは自治体と機構との通信を中継するもので、中継サーバー4台のうち1台（１号機）につながる通信の負荷分散装置から割り振られた自治体で影響があったという。

　J-LISは22日10時52分に中継サーバー1号機を切り離し、残り3台のサーバーで正常に通信を分散させていることを確認して、業務への影響を解消したという。

　J-LISによると、障害原因は汎用品のRAIDコントローラーのハードウエア故障で、同日18時20分に部品を交換して正常に動作することを確認し、翌日からは正常稼働した。これまでカード管理システムで起きた障害とは無関係で、詳細なログ解析などの原因分析を行っているという。