マイナンバー制度の関連システムを運用する地方公共団体情報システム機構（J-LIS）は、2016年1月18日と19日にシステム障害が発生し、一部の自治体（市区町村）で個人番号カード発行などの業務が滞ったと発表した。
J-LISの説明によれば、障害が発生したのは18日15時40分頃から19時頃と、19日8時30分頃から8時50分頃。この時間帯に、既存の「住基ネット（住民基本台帳ネットワークシステム）」と、マイナンバー制度運用のために新たに構築した「カード管理業務サーバー」の間を中継している「住基ネット中継サーバー」2台のうち、2号機の動作が不安定になった。
さらに正常稼働していた中継サーバー1号機への処理振り分けが適切に機能しなかった。このため、自治体側からのカード管理業務サーバーへの接続数が上限に達し、一部自治体からのカード発行処理要求を受けられなくなった。
J-LISは19日12時20分に、動作が不安定だった中継サーバー2号機をシステムから切り離し、1号機のみで処理するようにしたところ、全体が正常化した。2号機の動作が不安定になった根本的な原因については調査中だとしている。
J-LISでは1月13日にも中継サーバー1号機の動作が不安定になる障害が起きている。このときは1号機の暗号化装置に不具合が見つかり、部品を交換した。18～19日に起きたシステム障害との関連については現時点では不明だという。
