スカイマークの搭乗手続きシステムで2013年9月4日、システム障害が発生した。同日の午前中に発生し、昼過ぎには復旧した。システムが停止している間は、係員が手動で搭乗手続きを実施したため、一部の便に遅延が発生した。同社広報担当によると、「サーバー入れ替え作業が要因」という。

　このシステム障害が原因で欠航した便はない。ただし、同日は天候不良の地域があり、目的地を変更する便が発生したり、落雷の影響で欠航したりした便はあった。