政府の行政刷新会議は2009年11月13日、2010年度予算の無駄な概算要求を判定する「事業仕分け」で、文部科学省が推進する次世代スーパーコンピュータ事業を「限りなく予算計上見送りに近い縮減」とし、事実上の「凍結」（民主党の田嶋要議員）と判定した。財務省は事業仕分けの結果を極力反映する姿勢を示していることから、次世代スパコン事業が凍結する可能性が高くなった。

　行政刷新会議は、今後製造段階に入る次世代スパコン事業を事実上の凍結と判定した理由について、「今後の700億円以上の投資に見合う効果検証が必要」「NECと日立製作所が今年5月に撤退し、大幅なシステムの仕様構成を変更しており見通しが不透明」「海外との競争を急ぎスケジュールに無理がある」などとした。

　文科省の関係者の中には、事実上の凍結について「長い目で見ると国内のIT業界にとって重大な損失。次世代スパコンの心臓部となるチップの開発技術は、今後、クラウドコンピューティングなどあらゆる分野でも活用されていくもの。凍結されれば、中長期的に見て国内のIT業界におけるかなりの利益を海外に流失することに等しい」とする声もある。

　今回見直しの対象となった次世代スパコン事業は、総額1230億円を費やし、1秒間に1京回（10ペタFLOPS）の計算ができるスパコン「京速計算機」を2010年をメドに開発するプロジェクト（完成は2012年）である。2010年度の概算要求額は268億円。スパコンの開発は理化学研究所と富士通が進めている。