日本航空（JAL）は2009年6月3日、同日早朝に発生したチェックインシステムの障害（関連記事1、関連記事2）のために、午後1時時点で63便が15分以上最大約70分の遅延が出て、計8990人に影響が出ていると発表した。

　チェックインシステムはバージョンアップ前の状態に戻して通常通り稼働しているが、羽田発のWebチェックインシステムは依然として利用できない状況が続いている。