ケンコーコムとウェルネットは2009年5月25日，医薬品のネット販売や通信販売を一部を除いて禁止する省令が違憲であり無効であるとして，国を相手取り提訴した。
厚生労働省が2009年6月1日に施行する「薬事法の一部を改正する法律」の省令により，安全確保のための対面販売の原則を理由に，第1類医薬品および第2類医薬品の通信販売が禁止となる。ただし2年間の経過措置として，離島などへき地と継続使用に限って通信販売を認める経過措置をとる。
ケンコーコム 代表取締役 後藤玄利氏は，この省令により，憲法22条で保障された基本的な権利のひとつである営業権が剥奪されるとする。「お客さんが医薬品を自分で手にとってカゴに入れアルバイトの店員がレジを打つ売り方より，購入の際に問診表にチェックしなければならないネット販売のほうがはるかに安全。我々は，これまでインターネットなどで一般用医薬品の通信販売を適法に行ってきた。しかし突然厚生労働省がルールを変え，（第3類を除く一般用医薬品の）インターネット販売などの通信販売そのものが原則禁止される。ケンコーコムは売り上げ数億円が吹っ飛ぶ。ウェルネットは営業が継続できなくなるかもしれない」。
ケンコーコムとウェルネットは，この規制は厚生労働省の独断と主張する。「この省令は，法律の委任がなく，または委任の範囲を明らかに超えて原告の営業権を剥奪するもので，違憲かつ違法。対面販売やネットでの販売禁止は法律にはなんら規定されていない。法律は，情報提供をしっかりやれと言っているにすぎない」（ケンコーコムとウェルネットの代理人である弁護士 阿部泰隆氏）。
省令施行に伴い2009年5月12日から18日まで行われたパブリックコメントには9824件の意見が寄せられたが，約85％が規制に反対するものだった。「これだけの民意があるにもかかわらず，厚生労働省は省令を変更することなく施行する方針。こんな暴挙が許されれば民主主義ではない」（ケンコーコムの後藤氏）。
ウェルネット 代表取締役 尾藤昌道氏は改正薬事法自体には賛成しているとする。「改正薬事法の趣旨である『セルフメディケーション』（自分自身での健康管理と治療）については以前から国家の大計と考えており，大賛成だ。しかし，法律で規制されていないことが省令で規制されるという非常におかしなことが起こっている。納得のいく説明をしてほしい」と発言した。
医薬品の規制に対して，これまでケンコーコムは日本オンラインドラッグ協会や楽天，ヤフー！とともに反対を表明してきた。ただし今回の訴訟は，「当事者の権利の確認の訴訟であり，NPOである日本オンラインドラッグ協会は原告になれない。また楽天，ヤフー！は電子モール事業者であり，薬品販売事業者そのものではないため参加していない」（ケンコーコム 後藤氏）としている。
ケンコーコムは2009年5月25日午前，東京地方裁判所に訴状を提出した。後藤氏は「施行が1週間後に迫り，厚生労働省の省令施行に関する検討会も終了した。今まで4年間厚生労働省と折衝してきたが，我々がこの省令の施行を食い止める手段はもう行政訴訟しか残されていなかった」と，提訴に踏み切った経緯を説明した。
厚生労働省では「訴状が届いておらず内容が確認できないため，現時点ではコメントできない」としている。
掲載当初，最終段落で「厚生労働省からのコメントは2009年5月25日午後4時45分現在で得られていない」としていましたが，厚生労働省よりコメントが得られたため「厚生労働省では『訴状が届いておらず内容が確認できないため，現時点ではコメントできない』としている。」に変更しました。 [2009/05/25 19:48]
