公正取引委員会は2009年2月27日，日本音楽著作権協会（JASRAC）に対して独占禁止法第3条（私的独占の禁止）の規定に違反する行為を行っているとして，同法第7条第1項の規定に基づいて排除措置命令を行った。
公取委が問題視したのは，JASRACが放送事業者と結ぶ「包括的利用許諾契約」の内容だ。包括的利用許諾契約において，放送事業者は前年度の放送事業収入の1.5％をJASRACに支払うことになっている。使用料を算定する際の放送収入には，JASRAC以外の著作権等管理事業者の管理楽曲を使用した番組で得た放送収入も含まれる。このため放送事業者はJASRAC以外の著作権などの管理事業者の管理楽曲を使う場合，JASRACとその管理事業者の両方に楽曲の使用料を支払わなければならないため，負担額が増加する。
公正取引委員会によると，「これによりJASRAC以外の管理事業者の楽曲は放送番組においてほとんど利用されず，放送などの利用が見込まれる楽曲をほとんど確保できない。これにより管理事業を営むことが困難となっている」という。同委員会は，「JASRACが我が国における放送事業者に対する放送利用についての管理楽曲の利用許諾分野における競争を実質的に制限している」と判断して，排除措置命令を下すことにした。
排除措置命令の主な内容は，（1）包括的利用許諾契約により，JASRAC以外の管理事業者の管理楽曲を使用すると放送事業者の負担額が増えるという状態をつくる行為を取りやめる，（2）（1）を理事会で決議する，（3）新たな放送での楽曲使用料を決める際には公正取引委員会の承認を受ける――である。
JASRACは公正取引委員会から受けた排除措置命令について，「事実認定及び法令適用の両面において誤ったものと考えている。到底承服することができないので，法令の手続きに従って審判を請求する」とWebサイト上で表明した。さらに「当協会は反競争的な指示・要求などを一切していない」，「今回の命令では放送使用料の算定において具体的にどのような方法を採用すべきなのかが明確にされていない」，「今回の命令は放送事業者の協力が得られない限り，当協会単独では実行不可能な内容だ」，「放送事業者が当協会に支払う使用料はあくまでも当協会の管理著作物についての利用許諾の対価だ」という見解を示した。
一方，民放事業者の業界団体である「日本民間放送連盟」の会長を務める広瀬道貞氏は同日に，「公正取引委員会が発表したJASRACに対する排除措置命令の具体的な内容は承知していないが，当事者であるJASRACはもとより民放事業者にも多大な影響が及んでくるものと思われる」とコメントした。さらに「民放連では権利者への適正な音楽著作物使用料の配分のため，従前からJASRACとの協定に関する協議の過程において，様々な議論を重ねてきている。今後，公正取引委員会の排除措置命令の内容について十分検討を行ったうえで，JASRACなどとの協議を行ってまいりたい」とした。
