ネットマークスは2008年7月29日、デジタルデザインとニスコムの2社と、実体のないスルー取引における売買代金などの支払いを巡って争っていた訴訟について、同日付で和解したと発表した。和解の内容は「ネットマークスが和解金5億円を受領する」というもの。どの企業が和解金を支払ったかについては「守秘義務がありお伝えできない」（ネットマークス広報）という。
今回の訴訟は、日本IBMの担当者が最終需要者が存在しない実体のないスルー取引を調整・手配したことに端を発する。当該取引は、日本IBMがデジタルデザインに発注し、デジタルデザインがネットマークスに発注、ネットマークスがニスコムと三菱スペース・ソフトウエアに発注するという流れだった。ネットマークスは「正規の取引である」という認識で取引に参加したという。
この件について日本IBMは「担当者が無断で行ったものであり、デジタルデザインへ支払いをする義務はない」とし支払いを拒絶。そのため、デジタルデザインは日本IBMから売買代金を受け取ることができなかった。しかし、既にネットマークスから三菱スペース・ソフトウエアへの20億8600万円の支払いと、その取引の一部としてのデジタルデザインからネットマークスへの11億8900万円の支払いについては済んでいた。
ニスコムとネットマークス間の取引については、デジタルデザインからネットマークスへの入金確認後、ニスコムに4200万円支払われるというものだった。だが、デジタルデザインからの入金がなかったため、支払いは行われなかった。
このような状況のなかデジタルデザインは2007年2月2日、日本IBMへの売買代金の請求とネットマークスへの売買代金の返還を求めて訴訟を提起。ニスコムも2007年12月26日、請負代金を求める訴訟をネットマークスに提起した。ネットマークスはデジタルデザインに対し、未払い分の売買代金を求め反訴していた。
ネットマークスは昨年7月、過去に循環取引により売り上げを約55億円水増ししたとして過年度決算を訂正した。だが今回の訴訟については、ネットマークスが5億円の和解金を手にしたことから、裁判所がネットマークスの主張を認める判断をした可能性が高い。
