JR東日本は5月1日、この日運行した新幹線と成田エクスプレスの一部で、本来は空席だった指定席を発売済みとして、販売していなかったと発表した。原因は、4月1日に切り替えた指定席販売システムの不備。指定席販売システム上では発売済みになっていた。ただし、5月2日以降の列車については、「同様の問題が発生しないことを確認済み」（同社広報）という。

　指定席の一部を販売できなかったのは、5月1日に運行した東北、上越、長野、山形、秋田の新幹線57本と成田エクスプレス11本の計68本。座席数では合計5725席で、対象となる指定席4万3169席のうち13.6％を占めた。同日6時56分に東京駅を出発した「はやて1号」の車掌が、発売済みの指定席に空席が多いと報告したことから、販売ミスが発覚。システム上の不備が明らかになった。

　指定席販売システムはこの4月1日に新システムに切り替えたばかり。5月1日以降の指定席券を新しいシステムで、4月30日以前の指定席券は旧システムでそれぞれ販売していた。5月2日以降の指定席券販売には問題がないことから、原因としては、システム切り替え時のテストで利用したデータの一部を元に戻し忘れたことなどが考えられる。JR東日本は、「詳しい原因は調査中」（広報）としている。