ジャストシステムは10月18日，同日正午に公開した「一太郎2006」のセキュリティ更新モジュール（修正パッチ）に問題が見つかったことを明らかにし，問題を修正した更新モジュールを同日18時30分にリリースした。
今回公開された更新モジュールは，「一太郎2006」「一太郎2006 体験版」「一太郎ガバメント2006」に見つかったバッファ・オーバーフローのセキュリティ・ホールを修正するもの（関連記事：「一太郎」に新たなセキュリティ・ホール）。細工が施された文書ファイルを読み込んで特定の操作をおこなうと，ファイルに仕込まれた任意のプログラムを実行される恐れがある。
当初公開された更新モジュールを適用するとセキュリティ・ホールは解消されるものの，一部の機能に関する問題が発生することが明らかとなった。具体的には，文書マクロが2個以上登録されている文書ファイルを開いた場合，エラー・メッセージが表示されて読み込めなかったり，マクロが正常に動作しなかったりするという。
このため同社は，この問題を修正した新しい更新モジュールをリリース。同社では，10月18日正午にリリースされた更新モジュールを適用しているユーザー（同日18時30分よりも前に更新モジュールを適用したユーザー）に対して，再リリースされた更新モジュールを適用するよう呼びかけている。
