東日本旅客鉄道（JR東日本）は2006年9月5日、モバイルSuicaの電子マネーを10月21日からネット決済で利用できるようにすると発表した。
本サービスは、モバイルSuicaを利用しているユーザーの携帯電話にチャージされた電子マネーを使って、ネット上で買い物ができるのが特徴。
具体的には次のような流れで決済が行われる。ユーザーはパソコンもしくは携帯電話で、モバイルSuicaのネット決済に対応したショッピングサイトで商品の購入を申し込む。そして、商品の購入手続きをするときに、決済方法でモバイルSuicaを選択する。このとき、携帯電話のメールアドレスも入力する。購入手続きが完了すると、すぐに携帯電話に決済依頼メールが送信される。ユーザーはそのメールから、モバイルSuica専用アプリを起動して決済の手続きを行う。「決済してから2～3分程度で自身の携帯電話の電子マネー額に反映される」（JR東日本）。
ネット決済で利用できるサイトは開始当初10社。「ケンコーコム」、「ビーケーワン」、「ALL ABOUT STYLE STORE」、「Yahoo!ショッピング」などが対応している。
パソコンに外付け、もしくは内蔵するFelicaのリーダー/ライターに携帯電話をかざしてのネット決済は不可。そのため、カード型のSuicaでのネット決済はできない。「今後はリーダー/ライターの利用や、カード型のSuicaでのネット決済も考えている」（JR東日本）という。
モバイルSuicaは現在NTTドコモ、KDDI（au）の一部機種で利用が可能。2006年9月5日時点で11万人以上の会員がいるという。JR東日本は同日、ボーダフォン（2006年10月1日からソフトバンクモバイルに社名変更）においても2006年12月2日よりモバイルSuicaサービスを利用できるようにすると発表した。
なお、2006年7月13日に発表した「銀行チャージ」と「EASY モバイル Suica」に関しては、2006年10月21日から開始すると具体的な日程を明示した（関連記事）。
