Windows 2000でシステムの信頼性を向上させるために追加された機能。Windowsファイル保護（Windows File Protection）の機能を使い，保護対象となっているWindowsのシステム・ファイルをすべてスキャンし，そのバージョンが正しいかどうかをチェックする。もし，他のインストーラなどで上書きされているようなファイルを見付けると，％Systemroot％\System32\Dllcacheフォルダに保存している正しいファイルをリストアして元に戻す。これにより，いつの間にかシステム・ファイルが変更されていて，それまで利用してソフトが動かないといった互換性の問題が生じた場合でも簡単に元に戻すことができる。

　システム・ファイル・チェッカーは，sfc.exeというコマンド・ライン・ユーティリティの形で提供されている。利用する場合は，管理者権限をもったユーザーがコマンド・プロンプトから実行する。付加するオプションによって，すぐに実行するだけでなく，再起動時に実行したり，起動ごとに実行したりといった設定ができる。正しいシステム・ファイルを保存しているDllcacheフォルダが損傷したり使用不能になったりした場合の修復にもシステム・ファイル・チェッカーは利用できる。